जीव विज्ञान / क्रम

DNA अनुक्रम टूल्स (रिवर्स कॉम्प्लीमेंट, GC कंटेंट, अनुवाद)

DNA या RNA अनुक्रम, सादा टेक्स्ट या FASTA के रूप में पेस्ट करें और उसकी लंबाई, बेस की गिनती, GC कंटेंट, रिवर्स कॉम्प्लीमेंट, कॉम्प्लीमेंट, सभी 6 रीडिंग फ़्रेम में अनुवाद और सबसे लंबा ओपन रीडिंग फ़्रेम पाएं।

DNA अनुक्रम टूल्स (रिवर्स कॉम्प्लीमेंट, GC कंटेंट, अनुवाद): रिवर्स कॉम्प्लीमेंट दूसरे स्ट्रैंड को 5′ to 3′ दिशा में पढ़ता है: अनुक्रम को उलटकर A↔T और C↔G की अदला-बदली करता है; अस्पष्टता कोड का कॉम्प्लीमेंट भी किया जाता है। अनुवाद मानक आनुवंशिक कोड के अनुसार कोडॉन पढ़ता है—हर स्ट्रैंड के पहले, दूसरे और तीसरे बेस से शुरू होने वाले फ़्रेम में; * स्टॉप को दर्शाता है। सबसे लंबा ओपन रीडिंग फ़्रेम ATG से अगले स्टॉप तक चलता है। परिणाम Biopython से मेल खाते हैं। यह आपके ब्राउज़र में 100% स्थानीय रूप से चलता है और सर्वर पर कोई फ़ाइल अपलोड नहीं होती।

श्रेणी: स्कूल और पढ़ाई के टूल्स
रन: आपके ब्राउज़र में
लागत: मुफ़्त · साइन अप की ज़रूरत नहीं
उपलब्धता: इस्तेमाल के लिए तैयार

DNA अनुक्रम टूललोकल प्रोसेसिंग

पूरी तरह आपके ब्राउज़र में चलता है

DNA या RNA अनुक्रम (FASTA हेडर, संख्याओं और स्पेस को अनदेखा किया जाता है)

लंबाई39 bp

GC मात्रा56.41%A 9 · C 8 · G 14 · T 8

सबसे लंबा ओपन रीडिंग फ़्रेम7 अमीनो अम्लफ़्रेम +1

रिवर्स कॉम्प्लिमेंट

CTATCGGGCACCCTTTCAGCGGCCCATTACAATGGCCAT

पूरक

TACCGGTAACATTACCCGGCGACTTTCCCACGGGCTATC

छह फ़्रेम में अनुवाद

+1  MAIVMGR*KGAR*
+2  WPL*WAAERVPD
+3  GHCNGPLKGCPI
−1  LSGTLSAAHYNGH
−2  YRAPFQRPITMA
−3  IGHPFSGPLQWP

सबसे लंबे ORF का प्रोटीन

MAIVMGR

सादा टेक्स्ट या FASTA फ़ॉर्मैट में अनुक्रम पेस्ट करें; U को T के रूप में पढ़ा जाता है और बेस अक्षर के अलावा बाकी सब हटा दिया जाता है। अनुवाद में मानक आनुवंशिक कोड का उपयोग होता है, जिसमें स्टॉप कोडॉन के लिए * और अस्पष्ट बेस वाले कोडॉन के लिए X होता है। +1 से +3 फ़्रेम दिए गए स्ट्रैंड को पहले, दूसरे और तीसरे बेस से पढ़ते हैं; −1 से −3 फ़्रेम रिवर्स कॉम्प्लिमेंट पढ़ते हैं। सबसे लंबा ORF ATG से अगले स्टॉप तक या अनुक्रम के अंत तक चलता है।

उदाहरण सहित गणना

ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG, 39 bp और 56.4% GC है। Frame +1 से MAIVMGR*KGAR* पढ़ा जाता है, इसलिए पहले ATG से शुरू होने वाला open reading frame, TGA stop से पहले 7 amino acids MAIVMGR के लिए code करता है।

Sequence पर primers design करने के लिए Primer Tm से उनका melting temperature जाँचें।

GC content

GC pairs में तीन hydrogen bonds और A–T pairs में दो होते हैं, इसलिए GC-rich DNA अधिक तापमान पर melt होता है। कुछ parasites के genomes में GC 20% से कम, जबकि कुछ bacteria में 70% से अधिक होता है; human DNA का औसत लगभग 41% है।

पूरे genes के स्तर पर inheritance देखने के लिए पुनेट स्क्वेयर इस्तेमाल करें।

इस्तेमाल करने का तरीका

अनुक्रम पेस्ट करें; FASTA हेडर, संख्याएँ और स्पेस हटा दिए जाते हैं।
लंबाई, बेस की गिनती और GC कंटेंट देखें।
रिवर्स कॉम्प्लीमेंट या किसी अनुवाद को कॉपी करें।

गोपनीयता और सीमाएँ

आपके अनुक्रम आपके ब्राउज़र में रहते हैं; कुछ भी अपलोड नहीं होता।

अक्सर पूछे जाने वाले सवाल

रिवर्स कॉम्प्लीमेंट क्यों?

DNA स्ट्रैंड विपरीत दिशाओं में चलते हैं, इसलिए दूसरे स्ट्रैंड का अनुक्रम सामान्य तरीके से पढ़ने पर रिवर्स कॉम्प्लीमेंट होता है; रिवर्स स्ट्रैंड के प्राइमर इसी तरह लिखे जाते हैं।

क्या RNA समर्थित है?

हाँ: U को T के रूप में पढ़ा जाता है, इसलिए परिणाम DNA अक्षरों में दिए जाते हैं।

कौन-सा आनुवंशिक कोड इस्तेमाल होता है?

मानक कोड (NCBI table 1) इस्तेमाल होता है; माइटोकॉन्ड्रियल और कुछ माइक्रोबियल जीन थोड़े अलग कोड इस्तेमाल करते हैं।

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