Биология / Последовательности
Инструменты для последовательностей DNA (обратный комплемент, GC-содержание, трансляция)
Вставьте последовательность DNA или RNA — обычную или в формате FASTA — и получите её длину, количество оснований, GC-содержание, обратный комплемент, комплемент, трансляцию во всех шести рамках считывания и самую длинную открытую рамку считывания.
Инструменты для последовательностей DNA (обратный комплемент, GC-содержание, трансляция): Обратный комплемент представляет другую цепь в направлении 5′–3′: последовательность разворачивается, а A↔T и C↔G заменяются; коды неоднозначности также преобразуются в комплементарные. Трансляция считывает кодоны по стандартному генетическому коду в рамках, начинающихся с первого, второго и третьего основания каждой цепи; символ * обозначает стоп-кодон. Самая длинная открытая рамка считывания начинается с ATG и заканчивается на ближайшем стоп-кодоне. Результаты совпадают с Biopython. Работает на 100% локально в вашем браузере, файлы на сервер не загружаются.
- Категория
- Инструменты для учёбы и школы
- Запуски
- В вашем браузере
- Стоимость
- Бесплатно · без регистрации
- Доступность
- Готово к использованию
Полностью работает в браузере
Обратная комплементарная последовательность
CTATCGGGCACCCTTTCAGCGGCCCATTACAATGGCCAT
Комплементарная последовательность
TACCGGTAACATTACCCGGCGACTTTCCCACGGGCTATC
Трансляция в шести рамках
+1 MAIVMGR*KGAR* +2 WPL*WAAERVPD +3 GHCNGPLKGCPI −1 LSGTLSAAHYNGH −2 YRAPFQRPITMA −3 IGHPFSGPLQWP
Белок самой длинной ORF
MAIVMGR
Вставьте последовательность в виде обычного текста или в формате FASTA; U интерпретируется как T, а всё, что не является буквой основания, удаляется. Трансляция выполняется по стандартному генетическому коду: для стоп-кодонов используется *, а для кодонов с неоднозначными основаниями — X. Рамки от +1 до +3 считывают данную цепь с первого, второго и третьего основания; рамки от −1 до −3 считывают обратную комплементарную последовательность. Самая длинная ORF идёт от ATG до следующего стоп-кодона или до конца последовательности.
Разобранный пример
ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG содержит 39 bp и 56.4% GC. Рамка +1 даёт MAIVMGR*KGAR*, поэтому открытая рамка считывания от первого ATG кодирует 7 аминокислот MAIVMGR до стоп-кодона TGA.
Чтобы разработать праймеры для этой последовательности, проверьте их температуру плавления с помощью калькулятора Tm праймера.
GC-состав
Пары GC образуют три водородные связи, а пары A–T — две, поэтому DNA с высоким содержанием GC плавится при более высокой температуре. В геномах некоторых паразитов содержание GC ниже 20%, а у некоторых бактерий — выше 70%; в человеческой DNA в среднем около 41%.
Чтобы изучить наследование на уровне целых генов, воспользуйтесь калькулятором решётки Пеннета.
Как пользоваться
- Вставьте последовательность; заголовки FASTA, цифры и пробелы будут удалены.
- Просмотрите длину, количество оснований и GC-содержание.
- Скопируйте обратный комплемент или результат трансляции.
Конфиденциальность и ограничения
Ваши последовательности остаются в браузере; ничего не загружается.
Похожие инструменты
Часто задаваемые вопросы
Зачем нужен обратный комплемент?
Цепи DNA идут в противоположных направлениях, поэтому последовательность другой цепи, прочитанная обычным образом, является обратным комплементом; праймеры для обратной цепи записывают именно так.
Поддерживается ли RNA?
Да: U считывается как T, поэтому результаты приведены с буквами DNA.
Какой генетический код используется?
Стандартный код (таблица NCBI 1); в митохондриальных генах и некоторых микробных генах используются немного другие коды.
Бесплатный инструмент · запусков: в вашем браузере · аккаунт не нужен