생물학 / 시퀀스

DNA 서열 도구 (역상보 서열, GC 함량, 번역)

DNA 또는 RNA 서열을 일반 텍스트나 FASTA 형식으로 붙여넣으면 길이, 염기 수, GC 함량, 역상보 서열, 상보 서열, 6개 리딩 프레임의 번역 결과, 최장 오픈 리딩 프레임을 확인할 수 있습니다.

DNA 서열 도구 (역상보 서열, GC 함량, 번역): 역상보 서열은 다른 가닥을 5′에서 3′ 방향으로 읽은 결과입니다. 서열을 뒤집고 A↔T, C↔G를 서로 바꾸며, 모호성 코드도 상보 코드로 바꿉니다. 번역은 표준 유전 코드를 사용해 각 가닥의 첫 번째, 두 번째, 세 번째 염기에서 시작하는 프레임으로 코돈을 읽습니다. *는 종결 코돈을 나타냅니다. 최장 오픈 리딩 프레임은 ATG에서 시작해 다음 종결 코돈까지 이어집니다. 결과는 Biopython과 일치합니다. 서버에 파일을 전혀 업로드하지 않고 브라우저에서 100% 로컬로 실행됩니다.

카테고리: 학교 및 학습 도구
실행 횟수: 브라우저에서
비용: 무료 · 가입 불필요
사용 가능 여부: 사용 가능

DNA 서열 도구로컬 처리

브라우저에서 전부 실행됩니다

DNA 또는 RNA 서열(FASTA 헤더, 숫자 및 공백은 무시됨)

길이39 bp

GC 함량56.41%A 9 · C 8 · G 14 · T 8

가장 긴 오픈 리딩 프레임아미노산 7개프레임 +1

역상보 서열

CTATCGGGCACCCTTTCAGCGGCCCATTACAATGGCCAT

상보 서열

TACCGGTAACATTACCCGGCGACTTTCCCACGGGCTATC

6개 프레임에서의 번역

+1  MAIVMGR*KGAR*
+2  WPL*WAAERVPD
+3  GHCNGPLKGCPI
−1  LSGTLSAAHYNGH
−2  YRAPFQRPITMA
−3  IGHPFSGPLQWP

가장 긴 ORF 단백질

MAIVMGR

일반 텍스트 또는 FASTA 형식으로 서열을 붙여넣으십시오. U는 T로 읽고 염기 문자가 아닌 모든 문자는 제거합니다. 번역에는 표준 유전 부호를 사용하며, 종결 코돈은 *로, 모호한 염기를 포함한 코돈은 X로 표시합니다. 프레임 +1~+3은 주어진 가닥을 첫 번째, 두 번째, 세 번째 염기부터 각각 읽고, −1~−3은 역상보 서열을 읽습니다. 가장 긴 ORF는 ATG에서 다음 종결 코돈까지 또는 서열의 끝까지 이어집니다.

계산 예시

ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG는 39 bp이고 GC 함량은 56.4%입니다. Frame +1은 MAIVMGR*KGAR*로 읽히므로 첫 번째 ATG에서 시작하는 오픈 리딩 프레임은 TGA 종결 코돈 전까지 7개 아미노산 MAIVMGR을 지정합니다.

이 서열에 사용할 프라이머를 설계하려면 프라이머 Tm 계산기로 녹는점 온도를 확인하십시오.

GC 함량

GC 쌍은 수소 결합 3개를, A–T 쌍은 2개를 가지므로 GC가 풍부한 DNA는 더 높은 온도에서 녹습니다. 일부 기생생물의 유전체는 GC 함량이 20% 미만이고 일부 세균은 70% 초과인 등 범위가 넓으며, 인간 DNA의 평균은 약 41%입니다.

전체 유전자 수준의 유전을 확인하려면 퍼넷 사각형 계산기를 사용하십시오.

사용 방법

서열을 붙여넣습니다. FASTA 헤더, 숫자, 공백은 제거됩니다.
길이, 염기 수, GC 함량을 확인합니다.
역상보 서열 또는 번역 결과를 복사합니다.

개인정보 보호 및 제한사항

서열은 브라우저에 유지되며 업로드하지 않습니다.

자주 묻는 질문

왜 역상보 서열을 사용하나요?

DNA 가닥은 서로 반대 방향으로 이어집니다. 따라서 다른 가닥의 서열을 일반적인 방향으로 읽으면 역상보 서열이 됩니다. 역가닥용 프라이머도 이 방식으로 표기합니다.

RNA를 지원하나요?

예. U는 T로 읽으므로 결과는 DNA 문자로 표시됩니다.

어떤 유전 코드를 사용하나요?

표준 유전 코드(NCBI 표 1)를 사용합니다. 미토콘드리아 유전자와 일부 미생물 유전자는 약간 다른 코드를 사용합니다.

무료 도구 · 브라우저에서회 실행 · 계정 불필요