Biyoloji / Diziler
DNA Dizisi Araçları (Ters Tamamlayıcı, GC İçeriği, Çeviri)
Bir DNA veya RNA dizisini düz metin ya da FASTA biçiminde yapıştırarak uzunluğunu, baz sayılarını, GC içeriğini, ters tamamlayıcısını, tamamlayıcısını, altı okuma çerçevesindeki çevirisini ve en uzun açık okuma çerçevesini öğrenin.
DNA Dizisi Araçları (Ters Tamamlayıcı, GC İçeriği, Çeviri): Ters tamamlayıcı, diğer zinciri 5′'ten 3′'e okur: diziyi ters çevirir ve A↔T ile C↔G çiftlerini değiştirir; belirsizlik kodları da tamamlanır. Çeviri, standart genetik kodla kodonları okuma çerçevelerinde çözer; her zincirin birinci, ikinci ve üçüncü bazından başlayan çerçeveler kullanılır. * dur işaretini gösterir. En uzun açık okuma çerçevesi, bir ATG'den sonraki dur işaretine kadar sürer. Sonuçlar Biopython ile eşleşir. Sunucuya hiçbir dosya yüklenmeden tarayıcınızda %100 yerel olarak çalışır.
- Kategori
- Okul ve çalışma araçları
- Çalıştırma sayısı
- Tarayıcınızda
- Maliyet
- Ücretsiz · kayıt gerekmez
- Kullanılabilirlik
- Kullanıma hazır
Tamamen tarayıcınızda çalışır
Ters tamamlayıcı dizi
CTATCGGGCACCCTTTCAGCGGCCCATTACAATGGCCAT
Tamamlayıcı dizi
TACCGGTAACATTACCCGGCGACTTTCCCACGGGCTATC
Altı çerçevede çeviri
+1 MAIVMGR*KGAR* +2 WPL*WAAERVPD +3 GHCNGPLKGCPI −1 LSGTLSAAHYNGH −2 YRAPFQRPITMA −3 IGHPFSGPLQWP
En uzun ORF proteini
MAIVMGR
Düz metin veya FASTA biçiminde bir dizi yapıştırın; U, T olarak okunur ve baz harfi olmayan her şey kaldırılır. Çeviri, dur kodonları için * ve belirsiz bazlar içeren kodonlar için X kullanılarak standart genetik koda göre yapılır. +1 ile +3 arasındaki çerçeveler verilen ipliği birinci, ikinci ve üçüncü bazdan başlayarak okur; −1 ile −3 arasındaki çerçeveler ters tamamlayıcı diziyi okur. En uzun ORF, bir ATG'den sonraki dur kodonuna veya dizinin sonuna kadar uzanır.
Çözümlü örnek
ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG, 39 bp uzunluğundadır ve GC oranı %56,4'tür. +1 çerçevesi MAIVMGR*KGAR* şeklinde okunur; bu nedenle ilk ATG'den başlayan açık okuma çerçevesi, TGA dur kodonundan önceki 7 amino asitlik MAIVMGR dizisini kodlar.
Dizi üzerinde primer tasarlamak için erime sıcaklıklarını primer Tm hesaplayıcısıyla kontrol edin.
GC içeriği
GC çiftlerinde üç, A–T çiftlerinde iki hidrojen bağı bulunur; bu nedenle GC açısından zengin DNA daha yüksek sıcaklıklarda erir. Genomlarda bazı parazitlerde %20'nin altında, bazı bakterilerde %70'in üzerinde GC bulunabilir; insan DNA'sında ortalama değer yaklaşık %41'dir.
Bütün genler düzeyinde kalıtımı incelemek için Punnett karesi hesaplayıcısını kullanın.
Nasıl kullanılır?
- Diziyi yapıştırın; FASTA başlıkları, sayılar ve boşluklar kaldırılır.
- Uzunluğu, baz sayılarını ve GC içeriğini okuyun.
- Ters tamamlayıcıyı veya bir çeviriyi kopyalayın.
Gizlilik ve sınırlamalar
Dizileriniz tarayıcınızda kalır; hiçbir şey yüklenmez.
İlgili araçlar
Sık sorulan sorular
Neden ters tamamlayıcı?
DNA zincirleri zıt yönlerde ilerler. Bu nedenle diğer zincirin alışılmış yönde okunan dizisi ters tamamlayıcıdır; ters zincir için primerler bu şekilde yazılır.
RNA destekleniyor mu?
Evet: U, T olarak okunur; bu nedenle sonuçlar DNA harfleriyle verilir.
Hangi genetik kod kullanılıyor?
Standart kod (NCBI tablosu 1) kullanılır; mitokondriyal ve bazı mikrobiyal genler biraz farklı kodlar kullanır.
Ücretsiz araç · tarayıcınızda kez çalıştırma · hesap gerekmez