Biologia / Sequenze
Strumenti per sequenze di DNA (complemento inverso, contenuto GC, traduzione)
Incolla una sequenza di DNA o RNA, in testo semplice o FASTA, e ottieni lunghezza, conteggi delle basi, contenuto GC, complemento inverso, complemento, traduzione in tutti e sei i frame di lettura e il più lungo frame di lettura aperto.
Strumenti per sequenze di DNA (complemento inverso, contenuto GC, traduzione): Il complemento inverso legge l’altro filamento da 5′ a 3′: inverte la sequenza e scambia A↔T e C↔G; anche i codici di ambiguità vengono complementati. La traduzione legge i codoni usando il codice genetico standard, nei frame che iniziano con la prima, la seconda e la terza base di ciascun filamento; * indica uno stop. Il più lungo frame di lettura aperto va da un ATG allo stop successivo. I risultati corrispondono a quelli di Biopython. Funziona al 100% localmente nel browser, senza caricare file sul server.
- Categoria
- Strumenti per scuola e studio
- Esecuzioni
- Nel browser
- Costo
- Gratuito · senza registrazione
- Disponibilità
- Pronto all'uso
Funziona interamente nel browser
Complemento inverso
CTATCGGGCACCCTTTCAGCGGCCCATTACAATGGCCAT
Complemento
TACCGGTAACATTACCCGGCGACTTTCCCACGGGCTATC
Traduzione nei sei frame
+1 MAIVMGR*KGAR* +2 WPL*WAAERVPD +3 GHCNGPLKGCPI −1 LSGTLSAAHYNGH −2 YRAPFQRPITMA −3 IGHPFSGPLQWP
Proteina dell'ORF più lungo
MAIVMGR
Incolla una sequenza in testo semplice o in formato FASTA; U viene letto come T e tutto ciò che non è una lettera di base viene rimosso. La traduzione usa il codice genetico standard, con * per i codoni di stop e X per i codoni contenenti basi ambigue. I frame da +1 a +3 leggono il filamento fornito a partire dalla prima, seconda e terza base; quelli da −1 a −3 leggono il complemento inverso. L'ORF più lungo va da un ATG allo stop successivo o fino alla fine della sequenza.
Esempio svolto
ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG è lungo 39 bp con il 56,4% di GC. Il frame +1 legge MAIVMGR*KGAR*, quindi la cornice di lettura aperta dal primo ATG codifica i 7 amminoacidi MAIVMGR prima del codone di stop TGA.
Per progettare primer sulla sequenza, controlla la loro temperatura di fusione con il calcolatore Tm per primer.
Contenuto GC
Le coppie GC hanno tre legami a idrogeno e le coppie A–T ne hanno due, quindi il DNA ricco di GC fonde a temperature più alte. I genomi vanno da meno del 20% di GC in alcuni parassiti a oltre il 70% in alcuni batteri; il DNA umano ha in media circa il 41%.
Per studiare l'ereditarietà a livello di geni interi, usa il calcolatore del quadrato di Punnett.
Come usarlo
- Incolla la sequenza: le intestazioni FASTA, i numeri e gli spazi vengono rimossi.
- Controlla la lunghezza, i conteggi delle basi e il contenuto GC.
- Copia il complemento inverso o una traduzione.
Privacy e limitazioni
Le tue sequenze restano nel browser: non viene caricato nulla.
Strumenti correlati
Domande frequenti
Perché usare il complemento inverso?
I filamenti del DNA vanno in direzioni opposte, quindi la sequenza dell’altro filamento, letta nel modo consueto, è il complemento inverso; i primer per il filamento inverso vengono scritti in questo modo.
L’RNA è supportato?
Sì: U viene letto come T, quindi i risultati sono forniti usando le lettere del DNA.
Quale codice genetico viene usato?
Il codice standard (tabella NCBI 1); i geni mitocondriali e alcuni geni microbici usano codici leggermente diversi.
Strumento gratuito · nel browser esecuzioni · senza account