Biologie / Sequenzen
DNA-Sequenz-Tools (Reverse Komplement, GC-Gehalt, Translation)
Füge eine DNA- oder RNA-Sequenz im Klartext oder im FASTA-Format ein und erhalte Länge, Basenanzahl, GC-Gehalt, Reverse Komplement, Komplement, Translation in allen sechs Leserastern sowie den längsten offenen Leserahmen.
DNA-Sequenz-Tools (Reverse Komplement, GC-Gehalt, Translation): Das Reverse Komplement liest den anderen Strang in 5′-zu-3′-Richtung: Die Sequenz wird umgekehrt und A↔T sowie C↔G werden ausgetauscht. Auch Mehrdeutigkeitscodes werden komplementiert. Bei der Translation werden Codons nach dem Standard-Genetischen Code gelesen – in Leserastern, die jeweils am ersten, zweiten und dritten Nukleotid jedes Strangs beginnen; * kennzeichnet ein Stoppcodon. Der längste offene Leserahmen reicht von einem ATG bis zum nächsten Stoppcodon. Die Ergebnisse stimmen mit Biopython überein. Läuft zu 100% lokal in deinem Browser, ohne Datei-Uploads zum Server.
- Kategorie
- Werkzeuge für Schule & Lernen
- Ausführungen
- In deinem Browser
- Kosten
- Kostenlos · ohne Anmeldung
- Verfügbarkeit
- Einsatzbereit
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Reverse Komplement
CTATCGGGCACCCTTTCAGCGGCCCATTACAATGGCCAT
Komplement
TACCGGTAACATTACCCGGCGACTTTCCCACGGGCTATC
Translation in sechs Leserahmen
+1 MAIVMGR*KGAR* +2 WPL*WAAERVPD +3 GHCNGPLKGCPI −1 LSGTLSAAHYNGH −2 YRAPFQRPITMA −3 IGHPFSGPLQWP
Protein des längsten ORF
MAIVMGR
Füge eine Sequenz als reinen Text oder im FASTA-Format ein. U wird als T gelesen und alles, was kein Basenbuchstabe ist, wird entfernt. Die Translation verwendet den Standard-Genetischen Code, mit * für Stoppcodons und X für Codons mit mehrdeutigen Basen. Die Leserahmen +1 bis +3 lesen den angegebenen Strang ab der ersten, zweiten bzw. dritten Base; −1 bis −3 lesen das reverse Komplement. Der längste ORF reicht von einem ATG bis zum nächsten Stoppcodon oder bis zum Ende der Sequenz.
Durchgerechnetes Beispiel
ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG ist 39 bp lang und hat einen GC-Gehalt von 56,4 %. Im Leserahmen +1 ergibt sich MAIVMGR*KGAR*. Der offene Leserahmen ab dem ersten ATG codiert somit für die 7 Aminosäuren MAIVMGR, bevor das TGA-Stoppcodon folgt.
Um Primer für die Sequenz zu entwerfen, prüfe ihre Schmelztemperatur mit dem Primer-Tm-Rechner.
GC-Gehalt
GC-Paare haben drei Wasserstoffbrückenbindungen und A–T-Paare zwei. Daher schmilzt GC-reiche DNA bei höheren Temperaturen. Der GC-Gehalt von Genomen reicht von unter 20 % bei einigen Parasiten bis über 70 % bei einigen Bakterien; menschliche DNA liegt im Durchschnitt bei etwa 41 %.
Für die Vererbung auf der Ebene ganzer Gene nutze den Punnett-Quadrat-Rechner.
So benutzt du es
- Füge die Sequenz ein; FASTA-Kopfzeilen, Zahlen und Leerzeichen werden entfernt.
- Lies Länge, Basenanzahl und GC-Gehalt ab.
- Kopiere das Reverse Komplement oder eine Translation.
Datenschutz & Einschränkungen
Deine Sequenzen bleiben in deinem Browser; es wird nichts hochgeladen.
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Häufige Fragen
Warum das Reverse Komplement?
DNA-Stränge verlaufen in entgegengesetzte Richtungen. Deshalb ist die Sequenz des anderen Strangs, in der üblichen Richtung gelesen, das Reverse Komplement. Primer für den Gegenstrang werden auf diese Weise angegeben.
Wird RNA unterstützt?
Ja: U wird wie T gelesen, daher werden die Ergebnisse mit DNA-Buchstaben ausgegeben.
Welcher genetische Code wird verwendet?
Der Standardcode (NCBI-Tabelle 1); mitochondriale und einige mikrobielle Gene verwenden leicht abweichende Codes.
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