生物學 / 序列

DNA序列工具(反向互補、GC含量、翻譯)

貼上DNA或RNA序列(純文字或FASTA格式),即可取得長度、鹼基計數、GC含量、反向互補序列、互補序列、六個閱讀框的翻譯結果,以及最長開放閱讀框。

DNA序列工具(反向互補、GC含量、翻譯): 反向互補序列會以5′到3′方向讀取另一股:先反轉序列,再交換A↔T和C↔G,也會互補具有歧義的鹼基代碼。翻譯會使用標準遺傳密碼讀取密碼子,分別從每股的第一、第二和第三個鹼基開始,總共產生六個閱讀框;*代表終止。最長開放閱讀框會從ATG開始,延伸到下一個終止密碼子。結果與Biopython一致。 全程在瀏覽器中於本機執行,檔案不會上傳至伺服器。

使用次數
在瀏覽器中
費用
免費・免註冊
可用狀態
可立即使用
DNA序列工具本機處理

全程在瀏覽器中執行

長度39 bp
GC含量56.41%A 9 · C 8 · G 14 · T 8
最長開放閱讀框7 個胺基酸讀框+1

反向互補序列

CTATCGGGCACCCTTTCAGCGGCCCATTACAATGGCCAT

互補序列

TACCGGTAACATTACCCGGCGACTTTCCCACGGGCTATC

六個讀框的翻譯

+1  MAIVMGR*KGAR*
+2  WPL*WAAERVPD
+3  GHCNGPLKGCPI
−1  LSGTLSAAHYNGH
−2  YRAPFQRPITMA
−3  IGHPFSGPLQWP

最長ORF蛋白質

MAIVMGR

請貼上純文字或FASTA格式的序列;U會視為T,任何不是鹼基字母的內容都會移除。翻譯使用標準遺傳密碼,以*表示終止密碼子,以X表示包含模糊鹼基的密碼子。+1至+3讀框分別從第一、第二和第三個鹼基開始讀取原序列;−1至−3讀框則讀取反向互補序列。最長ORF會從ATG延伸至下一個終止密碼子,或延伸至序列末端。

實作範例

ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG共有39 bp,GC含量為56.4%。Frame +1讀作MAIVMGR*KGAR*,因此從第一個ATG開始的開放閱讀框,會在TGA終止前編碼7個胺基酸MAIVMGR。

若要在序列上設計引子,請使用引子Tm計算機檢查其熔解溫度。

GC含量

GC鹼基對有三個氫鍵,A–T鹼基對則有兩個,因此富含GC的DNA會在較高溫度下熔解。有些寄生蟲的基因組GC含量低於20%,有些細菌則高於70%;人類DNA的平均值約為41%。

若要從完整基因的層次檢視遺傳,請使用Punnett方格計算機。

使用方式

  1. 貼上序列;FASTA標頭、數字和空白都會移除。
  2. 查看長度、鹼基計數和GC含量。
  3. 複製反向互補序列或翻譯結果。

隱私與限制

您的序列會留在瀏覽器中,不會上傳。

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常見問題

為什麼需要反向互補?

DNA兩股的方向相反,因此以通常方向讀取另一股的序列時,就會得到反向互補序列;反向股的引子也會以這種方式表示。

支援RNA嗎?

支援:U會視為T,因此結果會以DNA字母顯示。

使用哪一種遺傳密碼?

使用標準遺傳密碼(NCBI表1);粒線體和部分微生物的基因會使用略有不同的遺傳密碼。

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