生物學 / 序列
DNA序列工具(反向互補、GC含量、翻譯)
貼上DNA或RNA序列(純文字或FASTA格式),即可取得長度、鹼基計數、GC含量、反向互補序列、互補序列、六個閱讀框的翻譯結果,以及最長開放閱讀框。
DNA序列工具(反向互補、GC含量、翻譯): 反向互補序列會以5′到3′方向讀取另一股:先反轉序列,再交換A↔T和C↔G,也會互補具有歧義的鹼基代碼。翻譯會使用標準遺傳密碼讀取密碼子,分別從每股的第一、第二和第三個鹼基開始,總共產生六個閱讀框;*代表終止。最長開放閱讀框會從ATG開始,延伸到下一個終止密碼子。結果與Biopython一致。 全程在瀏覽器中於本機執行,檔案不會上傳至伺服器。
- 分類
- 學校與讀書工具
- 使用次數
- 在瀏覽器中
- 費用
- 免費・免註冊
- 可用狀態
- 可立即使用
全程在瀏覽器中執行
反向互補序列
CTATCGGGCACCCTTTCAGCGGCCCATTACAATGGCCAT
互補序列
TACCGGTAACATTACCCGGCGACTTTCCCACGGGCTATC
六個讀框的翻譯
+1 MAIVMGR*KGAR* +2 WPL*WAAERVPD +3 GHCNGPLKGCPI −1 LSGTLSAAHYNGH −2 YRAPFQRPITMA −3 IGHPFSGPLQWP
最長ORF蛋白質
MAIVMGR
請貼上純文字或FASTA格式的序列;U會視為T,任何不是鹼基字母的內容都會移除。翻譯使用標準遺傳密碼,以*表示終止密碼子,以X表示包含模糊鹼基的密碼子。+1至+3讀框分別從第一、第二和第三個鹼基開始讀取原序列;−1至−3讀框則讀取反向互補序列。最長ORF會從ATG延伸至下一個終止密碼子,或延伸至序列末端。
實作範例
ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG共有39 bp,GC含量為56.4%。Frame +1讀作MAIVMGR*KGAR*,因此從第一個ATG開始的開放閱讀框,會在TGA終止前編碼7個胺基酸MAIVMGR。
若要在序列上設計引子,請使用引子Tm計算機檢查其熔解溫度。
GC含量
GC鹼基對有三個氫鍵,A–T鹼基對則有兩個,因此富含GC的DNA會在較高溫度下熔解。有些寄生蟲的基因組GC含量低於20%,有些細菌則高於70%;人類DNA的平均值約為41%。
若要從完整基因的層次檢視遺傳,請使用Punnett方格計算機。
使用方式
- 貼上序列;FASTA標頭、數字和空白都會移除。
- 查看長度、鹼基計數和GC含量。
- 複製反向互補序列或翻譯結果。
隱私與限制
您的序列會留在瀏覽器中,不會上傳。
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常見問題
為什麼需要反向互補?
DNA兩股的方向相反,因此以通常方向讀取另一股的序列時,就會得到反向互補序列;反向股的引子也會以這種方式表示。
支援RNA嗎?
支援:U會視為T,因此結果會以DNA字母顯示。
使用哪一種遺傳密碼?
使用標準遺傳密碼(NCBI表1);粒線體和部分微生物的基因會使用略有不同的遺傳密碼。
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