生物学 / 序列

DNA序列工具(反向互补、GC含量、翻译)

粘贴DNA或RNA序列,可以是纯文本或FASTA格式,即可获取序列长度、碱基计数、GC含量、反向互补序列、互补序列、全部六个阅读框的翻译结果,以及最长开放阅读框。

DNA序列工具(反向互补、GC含量、翻译): 反向互补序列以5′到3′方向读取另一条链:先反转序列,再将A↔T和C↔G互换,同时也会对模糊碱基代码进行互补。翻译使用标准遗传密码读取密码子,分别从每条链的第一个、第二个和第三个碱基开始,*表示终止密码子。最长开放阅读框从ATG开始,到下一个终止密码子结束。结果与Biopython一致。 完全在浏览器中本地运行,文件不会上传到服务器。

使用次数
在浏览器中
费用
免费·无需注册
可用性
可直接使用
DNA序列工具本地处理

完全在浏览器中运行

长度39 bp
GC含量56.41%A 9 · C 8 · G 14 · T 8
最长开放阅读框7 个氨基酸阅读框+1

反向互补序列

CTATCGGGCACCCTTTCAGCGGCCCATTACAATGGCCAT

互补序列

TACCGGTAACATTACCCGGCGACTTTCCCACGGGCTATC

六个阅读框翻译

+1  MAIVMGR*KGAR*
+2  WPL*WAAERVPD
+3  GHCNGPLKGCPI
−1  LSGTLSAAHYNGH
−2  YRAPFQRPITMA
−3  IGHPFSGPLQWP

最长ORF蛋白

MAIVMGR

粘贴纯文本或FASTA格式的序列;U按T读取,所有不是碱基字母的内容都会被删除。翻译使用标准遗传密码,终止密码子用*表示,含有模糊碱基的密码子用X表示。阅读框+1至+3分别从给定链的第一个、第二个和第三个碱基开始读取;−1至−3读取反向互补链。最长ORF从ATG开始,延续至下一个终止密码子或序列末尾。

演算示例

ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG长39 bp,GC含量为56.4%。阅读框+1的结果为MAIVMGR*KGAR*,因此从第一个ATG开始的开放阅读框编码7种氨基酸MAIVMGR,随后遇到TGA终止。

如需根据序列设计引物,请使用引物Tm计算器检查其熔解温度。

GC含量

GC碱基对含有三个氢键,而A–T碱基对含有两个,因此富含GC的DNA会在更高温度下熔解。不同基因组的GC含量差异很大:一些寄生虫低于20%,一些细菌则高于70%;人类DNA的平均值约为41%。

如需研究整条基因层面的遗传,请使用Punnett方格计算器。

使用方法

  1. 粘贴序列;FASTA标题、数字和空格会被移除。
  2. 查看序列长度、碱基计数和GC含量。
  3. 复制反向互补序列或翻译结果。

隐私与限制

你的序列会保留在浏览器中;不会上传。

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常见问题

为什么要使用反向互补?

DNA两条链的方向相反,因此以通常方式读取另一条链时,得到的就是反向互补序列;针对反向链设计的引物也会以这种方式书写。

支持RNA吗?

支持:U会按T读取,因此结果使用DNA字母表示。

使用哪种遗传密码?

使用标准遗传密码(NCBI表1);线粒体基因和部分微生物基因使用略有不同的遗传密码。

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