生物学 / シーケンス
DNA配列ツール（逆相補配列、GC含量、翻訳）
DNAまたはRNAの配列をプレーンテキストまたはFASTA形式で貼り付けると、長さ、塩基数、GC含量、逆相補配列、相補配列、6つすべての読み枠での翻訳、最長オープンリーディングフレームを確認できます。
DNA配列ツール（逆相補配列、GC含量、翻訳）: 逆相補配列は、もう一方の鎖を5′から3′方向に読み取ったものです。配列を反転し、A↔T、C↔Gを置き換えます。曖昧性コードも相補的に変換されます。翻訳では標準遺伝暗号を使ってコドンを読み取り、各鎖の1番目、2番目、3番目の塩基から始まる読み枠を示します。*は終止コドンを表します。最長オープンリーディングフレームは、ATGから次の終止コドンまでです。結果はBiopythonと一致します。 サーバーへのファイルアップロードは一切なく、100%ブラウザ内でローカル実行します。
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完全にブラウザ内で実行します
逆相補配列
CTATCGGGCACCCTTTCAGCGGCCCATTACAATGGCCAT
相補鎖
TACCGGTAACATTACCCGGCGACTTTCCCACGGGCTATC
6フレーム翻訳
+1 MAIVMGR*KGAR* +2 WPL*WAAERVPD +3 GHCNGPLKGCPI −1 LSGTLSAAHYNGH −2 YRAPFQRPITMA −3 IGHPFSGPLQWP
最長ORFのタンパク質
MAIVMGR
プレーンテキストまたはFASTA形式で配列を貼り付けてください。UはTとして読み取り、塩基文字以外はすべて削除されます。翻訳には標準遺伝暗号を使用し、終止コドンは*、曖昧な塩基を含むコドンはXで表します。フレーム+1～+3では、1、2、3番目の塩基から指定された鎖を読み取ります。−1～−3では逆相補鎖を読み取ります。最長ORFはATGから次の終止コドンまで、または配列の末尾まで続きます。
計算例
ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAGは39 bpで、GC含量は56.4%です。フレーム+1ではMAIVMGR*KGAR*と読み取られるため、最初のATGから始まるオープンリーディングフレームは、TGAの停止コドンまでの7個のアミノ酸MAIVMGRをコードします。
この配列上にプライマーを設計するには、プライマーTm計算機で融解温度を確認してください。
GC含量
GC塩基対は3本、A–T塩基対は2本の水素結合を持つため、GCに富むDNAはより高い温度で融解します。ゲノムのGC含量は、寄生虫の一部では20%未満、細菌の一部では70%超まで幅があり、ヒトDNAの平均は約41%です。
遺伝子全体のレベルで遺伝を調べるには、パネット方眼計算機を使用してください。
使い方
- 配列を貼り付けます。FASTAヘッダー、数字、スペースは削除されます。
- 長さ、塩基数、GC含量を確認します。
- 逆相補配列または翻訳結果をコピーします。
プライバシーと制限事項
配列はブラウザ内にとどまり、アップロードされることはありません。
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よくある質問
なぜ逆相補配列を使うのですか？
DNAの2本の鎖は互いに逆方向に伸びているため、もう一方の鎖を通常の方向で読んだ配列が逆相補配列になります。逆鎖用のプライマーはこの形式で表記されます。
RNAには対応していますか？
はい。UはTとして読み取られるため、結果はDNAの文字で表示されます。
どの遺伝暗号を使っていますか？
標準遺伝暗号（NCBI table 1）を使用しています。ミトコンドリアや一部の微生物の遺伝子では、少し異なる遺伝暗号が使われます。
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