Biologi / Urutan

Alat Urutan DNA (Balik Komplemen, Kandungan GC, Terjemahan)

Tempel urutan DNA atau RNA, dalam format biasa atau FASTA, untuk mendapatkan panjang, jumlah basa, kandungan GC, balik komplemen, komplemen, terjemahan dalam keenam frame baca, dan open reading frame terpanjang.

Alat Urutan DNA (Balik Komplemen, Kandungan GC, Terjemahan): Balik komplemen membaca untai lainnya dari 5′ ke 3′: balik urutan dan tukar A↔T serta C↔G, termasuk melengkapi kode ambiguitas. Terjemahan membaca kodon dengan kode genetik standar, dalam frame yang dimulai dari basa pertama, kedua, dan ketiga pada setiap untai; * menandai stop. Open reading frame terpanjang dimulai dari ATG hingga stop berikutnya. Hasilnya sesuai dengan Biopython. Berjalan 100% lokal di browser Anda tanpa upload file ke server.

Kategori
Tool sekolah & belajar
Dijalankan
Di browser Anda
Biaya
Gratis · tanpa daftar
Ketersediaan
Siap digunakan
Alat urutan DNAPemrosesan lokal

Berjalan sepenuhnya di browser Anda

Panjang39 bp
Kandungan GC56,41%A 9 · C 8 · G 14 · T 8
Open reading frame terpanjang7 asam aminoframe +1

Komplemen balik

CTATCGGGCACCCTTTCAGCGGCCCATTACAATGGCCAT

Komplemen

TACCGGTAACATTACCCGGCGACTTTCCCACGGGCTATC

Translasi dalam enam frame

+1  MAIVMGR*KGAR*
+2  WPL*WAAERVPD
+3  GHCNGPLKGCPI
−1  LSGTLSAAHYNGH
−2  YRAPFQRPITMA
−3  IGHPFSGPLQWP

Protein ORF terpanjang

MAIVMGR

Tempelkan urutan dalam teks biasa atau format FASTA; U dibaca sebagai T, dan apa pun yang bukan huruf basa akan dihapus. Translasi menggunakan kode genetik standar, dengan * untuk kodon stop dan X untuk kodon yang mengandung basa ambigu. Frame +1 hingga +3 membaca untai sebagaimana diberikan mulai dari basa pertama, kedua, dan ketiga; −1 hingga −3 membaca komplemen balik. ORF terpanjang dimulai dari ATG hingga stop berikutnya, atau hingga akhir urutan.

Contoh perhitungan

ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG memiliki panjang 39 bp dengan 56,4% GC. Frame +1 terbaca sebagai MAIVMGR*KGAR*, sehingga open reading frame yang dimulai dari ATG pertama mengodekan 7 asam amino MAIVMGR sebelum kodon stop TGA.

Untuk merancang primer pada sekuens tersebut, periksa suhu lelehnya dengan kalkulator Tm primer.

Konten GC

Pasangan GC memiliki tiga ikatan hidrogen, sedangkan pasangan A–T memiliki dua, sehingga DNA yang kaya GC meleleh pada suhu yang lebih tinggi. Kandungan GC genom berkisar dari di bawah 20% pada beberapa parasit hingga di atas 70% pada beberapa bakteri; rata-rata DNA manusia sekitar 41%.

Untuk pewarisan pada tingkat keseluruhan gen, gunakan kalkulator tabel Punnett.

Cara menggunakannya

  1. Tempel urutan; header FASTA, angka, dan spasi akan dihapus.
  2. Lihat panjang, jumlah basa, dan kandungan GC.
  3. Salin balik komplemen atau hasil terjemahan.

Privasi & batasan

Urutan Anda tetap berada di browser; tidak ada yang di-upload.

Alat terkait

Tm PrimerKotak PunnettMolaritas

Pertanyaan umum

Mengapa menggunakan balik komplemen?

Untai DNA berjalan dalam arah yang berlawanan, sehingga urutan untai lainnya, jika dibaca dengan cara biasa, adalah balik komplemen; primer untuk untai kebalikan ditulis dengan cara ini.

Apakah RNA didukung?

Ya: U dibaca sebagai T, sehingga hasilnya diberikan dalam huruf DNA.

Kode genetik apa yang digunakan?

Kode standar (tabel NCBI 1); gen mitokondria dan beberapa gen mikroba menggunakan kode yang sedikit berbeda.

Alat gratis · berjalan di browser anda · tanpa perlu akun