Sinh học / Chuỗi
Công cụ chuỗi DNA (Bổ sung ngược, hàm lượng GC, dịch mã)
Dán một chuỗi DNA hoặc RNA, ở dạng văn bản thuần túy hoặc FASTA, để xem độ dài, số lượng bazơ, hàm lượng GC, chuỗi bổ sung ngược, chuỗi bổ sung, bản dịch mã trong cả sáu khung đọc và khung đọc mở dài nhất.
Công cụ chuỗi DNA (Bổ sung ngược, hàm lượng GC, dịch mã): Chuỗi bổ sung ngược biểu diễn mạch còn lại theo chiều 5′ đến 3′: đảo ngược chuỗi và thay A↔T, C↔G; các mã ký hiệu mơ hồ cũng được bổ sung tương ứng. Dịch mã đọc các codon theo mã di truyền chuẩn, trong các khung bắt đầu từ bazơ thứ nhất, thứ hai và thứ ba của mỗi mạch; * biểu thị codon kết thúc. Khung đọc mở dài nhất bắt đầu từ ATG và kết thúc ở codon dừng tiếp theo. Kết quả khớp với Biopython. Chạy 100% cục bộ trong trình duyệt của bạn, không có tệp nào được tải lên máy chủ.
- Danh mục
- Công cụ học tập và trường học
- Lượt chạy
- Trong trình duyệt của bạn
- Chi phí
- Miễn phí · không cần đăng ký
- Trạng thái khả dụng
- Sẵn sàng sử dụng
Chạy hoàn toàn trong trình duyệt của bạn
Bổ sung ngược
CTATCGGGCACCCTTTCAGCGGCCCATTACAATGGCCAT
Bổ sung
TACCGGTAACATTACCCGGCGACTTTCCCACGGGCTATC
Dịch mã trong sáu khung
+1 MAIVMGR*KGAR* +2 WPL*WAAERVPD +3 GHCNGPLKGCPI −1 LSGTLSAAHYNGH −2 YRAPFQRPITMA −3 IGHPFSGPLQWP
Protein ORF dài nhất
MAIVMGR
Dán một trình tự ở dạng văn bản thuần túy hoặc FASTA; U được đọc là T và mọi ký tự không phải chữ cái của base sẽ bị loại bỏ. Việc dịch mã sử dụng mã di truyền tiêu chuẩn, với * cho codon kết thúc và X cho codon chứa các base mơ hồ. Các khung +1 đến +3 đọc mạch đã cho lần lượt từ base thứ nhất, thứ hai và thứ ba; các khung −1 đến −3 đọc trình tự bổ sung ngược. ORF dài nhất chạy từ một ATG đến codon kết thúc tiếp theo hoặc đến cuối trình tự.
Ví dụ có lời giải
ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG có độ dài 39 bp với 56,4% GC. Khung +1 đọc được MAIVMGR*KGAR*, vì vậy khung đọc mở bắt đầu từ ATG đầu tiên mã hóa 7 amino acid MAIVMGR trước mã dừng TGA.
Để thiết kế mồi trên trình tự, hãy kiểm tra nhiệt độ nóng chảy của chúng bằng máy tính Tm của mồi.
Hàm lượng GC
Các cặp GC có ba liên kết hydro còn các cặp A–T có hai liên kết, vì vậy DNA giàu GC nóng chảy ở nhiệt độ cao hơn. Tỷ lệ GC trong bộ gen dao động từ dưới 20% ở một số loài ký sinh đến trên 70% ở một số vi khuẩn; DNA người trung bình khoảng 41%.
Để xem xét sự di truyền ở cấp độ toàn bộ gen, hãy sử dụng máy tính bảng Punnett.
Cách sử dụng
- Dán chuỗi; tiêu đề FASTA, chữ số và khoảng trắng sẽ được loại bỏ.
- Xem độ dài, số lượng bazơ và hàm lượng GC.
- Sao chép chuỗi bổ sung ngược hoặc một bản dịch mã.
Quyền riêng tư và giới hạn
Các chuỗi của bạn được giữ trong trình duyệt; không có gì được tải lên.
Công cụ liên quan
Câu hỏi thường gặp
Tại sao cần chuỗi bổ sung ngược?
Các mạch DNA chạy theo hai hướng ngược nhau, vì vậy trình tự của mạch còn lại khi đọc theo cách thông thường là chuỗi bổ sung ngược; các mồi dành cho mạch ngược được viết theo cách này.
Công cụ có hỗ trợ RNA không?
Có: U được đọc như T, vì vậy kết quả được hiển thị bằng các chữ cái DNA.
Công cụ sử dụng mã di truyền nào?
Mã di truyền chuẩn (bảng 1 của NCBI); các gen ty thể và một số gen vi sinh vật sử dụng mã hơi khác.
Công cụ miễn phí · trong trình duyệt của bạn lượt chạy · không cần tài khoản