Biologija / Nizovi

Alatke za DNK sekvence (reverzni komplement, GC sadržaj, prevođenje)

Nalepite DNK ili RNK sekvencu, običan tekst ili FASTA, i dobićete njenu dužinu, broj baza, GC sadržaj, reverzni komplement, komplement, prevođenje u svih šest okvira čitanja i najduži otvoreni okvir čitanja.

Alatke za DNK sekvence (reverzni komplement, GC sadržaj, prevođenje): Reverzni komplement predstavlja drugi lanac u smeru 5′ do 3′: sekvenca se obrće, a A↔T i C↔G zamenjuju se komplementarnim bazama; komplementiraju se i kodovi dvosmislenih baza. Prevođenje čita kodone pomoću standardnog genetičkog koda, u okvirima koji počinju od prve, druge i treće baze svakog lanca; * označava stop kodon. Najduži otvoreni okvir čitanja ide od ATG do sledećeg stop kodona. Rezultati odgovaraju rezultatima biblioteke Biopython. Radi 100% lokalno u vašem pregledaču, bez otpremanja datoteka na server.

Kategorija
Alatke za školu i učenje
Pokretanja
U vašem pregledaču
Trošak
Besplatno · bez registracije
Dostupnost
Spremno za upotrebu
Alati za DNA sekvenceLokalna obrada

U potpunosti radi u vašem pregledaču

Dužina39 bp
GC sadržaj56,41%A 9 · C 8 · G 14 · T 8
Najduži otvoreni okvir čitanja7 aminokiselinaokvir +1

Reverzni komplement

CTATCGGGCACCCTTTCAGCGGCCCATTACAATGGCCAT

Komplement

TACCGGTAACATTACCCGGCGACTTTCCCACGGGCTATC

Prevođenje u šest okvira

+1  MAIVMGR*KGAR*
+2  WPL*WAAERVPD
+3  GHCNGPLKGCPI
−1  LSGTLSAAHYNGH
−2  YRAPFQRPITMA
−3  IGHPFSGPLQWP

Protein najdužeg ORF-a

MAIVMGR

Nalepite sekvencu kao običan tekst ili u FASTA formatu; U se čita kao T, a sve što nije slovo baze se uklanja. Prevođenje koristi standardni genetički kod, sa * za stop-kodone i X za kodone koji sadrže neodređene baze. Okviri +1 do +3 čitaju datu nit počevši od prve, druge i treće baze; −1 do −3 čitaju reverzni komplement. Najduži ORF ide od ATG do sledećeg stop-kodona ili do kraja sekvence.

Primer sa postupkom

ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG ima 39 bp i 56.4% GC. Okvir +1 daje MAIVMGR*KGAR*, pa otvoreni okvir čitanja od prvog ATG kodira 7 aminokiselina MAIVMGR pre stop-signala TGA.

Da biste dizajnirali prajmere na sekvenci, proverite njihovu temperaturu topljenja pomoću kalkulatora Tm za prajmere.

GC sadržaj

GC parovi imaju tri vodonične veze, a A–T parovi dve, pa se DNK bogata GC sadržajem topi na višim temperaturama. Udelom GC genomi se kreću od manje od 20% kod nekih parazita do više od 70% kod nekih bakterija; ljudska DNK u proseku ima oko 41%.

Za nasleđivanje na nivou čitavih gena koristite kalkulator Punnettovog kvadrata.

Kako se koristi

  1. Nalepite sekvencu; FASTA zaglavlja, brojevi i razmaci biće uklonjeni.
  2. Pogledajte dužinu, broj baza i GC sadržaj.
  3. Kopirajte reverzni komplement ili rezultat prevođenja.

Privatnost i ograničenja

Vaše sekvence ostaju u vašem pregledaču; ništa se ne otprema.

Srodne alatke

Tm prajmeraPunetov kvadratMolarnost

Često postavljana pitanja

Zašto reverzni komplement?

Lančići DNK pružaju se u suprotnim smerovima, pa je sekvenca drugog lanca, pročitana na uobičajen način, reverzni komplement; prajmeri za suprotni lanac zapisuju se na ovaj način.

Da li je RNK podržana?

Da: U se čita kao T, pa se rezultati prikazuju pomoću slova koja se koriste za DNK.

Koji genetički kod se koristi?

Koristi se standardni kod (NCBI tabela 1); mitohondrijalni i neki mikrobni geni koriste malo drugačije kodove.

Besplatan alat · pokretanja: u vašem pregledaču · nalog nije potreban