Biologia / Sequências
Ferramentas de Sequência de DNA (Complemento Reverso, Conteúdo de GC, Tradução)
Cole uma sequência de DNA ou RNA, simples ou em FASTA, e obtenha seu comprimento, contagem de bases, conteúdo de GC, complemento reverso, complemento, tradução nos seis quadros de leitura e o maior quadro de leitura aberto.
Ferramentas de Sequência de DNA (Complemento Reverso, Conteúdo de GC, Tradução): O complemento reverso lê a outra fita de 5′ a 3′: inverte a sequência e troca A↔T e C↔G, complementando também os códigos de ambiguidade. A tradução lê os códons usando o código genético padrão, nos quadros que começam na primeira, segunda e terceira bases de cada fita; * indica um códon de parada. O maior quadro de leitura aberto vai de um ATG até o próximo códon de parada. Os resultados correspondem aos do Biopython. Roda 100% localmente no seu navegador, sem enviar nenhum arquivo para o servidor.
- Categoria
- Ferramentas para escola e estudos
- Execuções
- No seu navegador
- Custo
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Complemento reverso
CTATCGGGCACCCTTTCAGCGGCCCATTACAATGGCCAT
Complemento
TACCGGTAACATTACCCGGCGACTTTCCCACGGGCTATC
Tradução nos seis quadros
+1 MAIVMGR*KGAR* +2 WPL*WAAERVPD +3 GHCNGPLKGCPI −1 LSGTLSAAHYNGH −2 YRAPFQRPITMA −3 IGHPFSGPLQWP
Proteína do maior ORF
MAIVMGR
Cole uma sequência em texto simples ou no formato FASTA; U é interpretado como T, e tudo que não for uma letra de base é removido. A tradução usa o código genético padrão, com * para códons de parada e X para códons que contêm bases ambíguas. Os quadros +1 a +3 leem a fita fornecida a partir da primeira, segunda e terceira base; −1 a −3 leem o complemento reverso. O maior ORF vai de um ATG até o próximo códon de parada ou até o fim da sequência.
Exemplo resolvido
ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG tem 39 bp e 56,4% de GC. O quadro +1 lê MAIVMGR*KGAR*, portanto a fase de leitura aberta que começa no primeiro ATG codifica os 7 aminoácidos MAIVMGR antes do códon de parada TGA.
Para projetar primers na sequência, verifique a temperatura de melting deles com a calculadora de Tm de primers.
Conteúdo de GC
Os pares GC têm três ligações de hidrogênio, e os pares A–T têm duas, portanto o DNA rico em GC derrete em temperaturas mais altas. Os genomas variam de menos de 20% de GC em alguns parasitas a mais de 70% em algumas bactérias; o DNA humano tem, em média, cerca de 41%.
Para tratar da herança no nível de genes inteiros, use a calculadora de quadrado de Punnett.
Como usar
- Cole a sequência; cabeçalhos FASTA, números e espaços são removidos.
- Consulte o comprimento, a contagem de bases e o conteúdo de GC.
- Copie o complemento reverso ou uma tradução.
Privacidade e limitações
Suas sequências permanecem no navegador; nada é enviado.
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Perguntas frequentes
Por que usar o complemento reverso?
As fitas de DNA seguem em direções opostas. Por isso, a sequência da outra fita, quando lida da maneira usual, é o complemento reverso; os primers da fita reversa são escritos dessa forma.
RNA é compatível?
Sim: U é lido como T, portanto os resultados são fornecidos usando letras de DNA.
Qual código genético é usado?
O código padrão (tabela 1 do NCBI); genes mitocondriais e alguns genes microbianos usam códigos ligeiramente diferentes.
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