Biologie / Séquences
Outils pour les séquences d’ADN (complément inverse, teneur en GC, traduction)
Collez une séquence ADN ou ARN, au format brut ou FASTA, pour obtenir sa longueur, le nombre de bases, sa teneur en GC, son complément inverse, son complément, sa traduction dans les six cadres de lecture et le plus long cadre de lecture ouvert.
Outils pour les séquences d’ADN (complément inverse, teneur en GC, traduction): Le complément inverse correspond à l’autre brin lu de 5′ à 3′ : la séquence est inversée et A↔T ainsi que C↔G sont permutés ; les codes d’ambiguïté sont également complémentés. La traduction lit les codons selon le code génétique standard, dans les cadres commençant par la première, la deuxième et la troisième base de chaque brin ; * indique un codon stop. Le plus long cadre de lecture ouvert s’étend d’un ATG jusqu’au codon stop suivant. Les résultats correspondent à ceux de Biopython. Fonctionne 100 % localement dans votre navigateur, sans aucun téléversement de fichier vers le serveur.
- Catégorie
- Outils pour l’école et les études
- Exécutions
- Dans votre navigateur
- Coût
- Gratuit · sans inscription
- Disponibilité
- Prêt à l'emploi
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Complément inverse
CTATCGGGCACCCTTTCAGCGGCCCATTACAATGGCCAT
Complément
TACCGGTAACATTACCCGGCGACTTTCCCACGGGCTATC
Traduction dans les six cadres
+1 MAIVMGR*KGAR* +2 WPL*WAAERVPD +3 GHCNGPLKGCPI −1 LSGTLSAAHYNGH −2 YRAPFQRPITMA −3 IGHPFSGPLQWP
Protéine du plus long ORF
MAIVMGR
Collez une séquence en texte brut ou au format FASTA ; U est interprété comme T et tout ce qui n'est pas une lettre de base est supprimé. La traduction utilise le code génétique standard, avec * pour les codons stop et X pour les codons contenant des bases ambiguës. Les cadres +1 à +3 lisent le brin tel quel à partir de la première, de la deuxième et de la troisième base ; les cadres −1 à −3 lisent le complément inverse. Le plus long ORF va d'un ATG au codon stop suivant, ou jusqu'à la fin de la séquence.
Exemple détaillé
ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG compte 39 bp et 56,4 % de GC. Le cadre +1 donne MAIVMGR*KGAR* ; le cadre de lecture ouvert commençant au premier ATG code les 7 acides aminés MAIVMGR avant le codon stop TGA.
Pour concevoir des amorces sur la séquence, vérifiez leur température de fusion avec la calculatrice de Tm des amorces.
Teneur en GC
Les paires GC possèdent trois liaisons hydrogène, contre deux pour les paires A–T ; l’ADN riche en GC fond donc à des températures plus élevées. La teneur en GC des génomes va de moins de 20 % chez certains parasites à plus de 70 % chez certaines bactéries ; celle de l’ADN humain est en moyenne d’environ 41 %.
Pour étudier l’hérédité au niveau des gènes entiers, utilisez la calculatrice du carré de Punnett.
Comment l'utiliser
- Collez la séquence ; les en-têtes FASTA, les chiffres et les espaces sont supprimés.
- Consultez la longueur, le nombre de bases et la teneur en GC.
- Copiez le complément inverse ou une traduction.
Confidentialité et limitations
Vos séquences restent dans votre navigateur ; rien n’est envoyé.
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Questions fréquentes
Pourquoi utiliser le complément inverse ?
Les brins d’ADN sont orientés en sens opposés. La séquence de l’autre brin, lue dans le sens habituel, est donc le complément inverse ; les amorces du brin inverse s’écrivent de cette façon.
L’ARN est-il pris en charge ?
Oui : U est interprété comme T, et les résultats sont donc donnés avec les lettres de l’ADN.
Quel code génétique est utilisé ?
Le code standard (tableau 1 du NCBI) ; les gènes mitochondriaux et certains gènes microbiens utilisent des codes légèrement différents.
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