Biologi / PCR
Kalkulator Tm Primer (Suhu Leleh)
Hitung suhu leleh primer PCR dengan metode tetangga terdekat dan koreksi garam, aturan Wallace, serta rumus GC, lengkap dengan kandungan GC dan peringatan untuk rangkaian komplementer diri yang dapat membentuk jepit rambut atau dimer.
Kalkulator Tm Primer (Suhu Leleh): Tm tetangga terdekat menjumlahkan entalpi dan entropi setiap pasangan basa yang saling tumpang tindih dari tabel terpadu SantaLucia tahun 1998, dengan koreksi terminal dan garam, lalu menghitung Tm = ΔH ÷ (ΔS + R ln(C/4)) − 273,15. Dengan C/4 sebagai konsentrasi untai, seperti yang digunakan Primer3, hasilnya sesuai dengan Tm_NN Biopython hingga selisih 0,01 °C: primer reverse M13 AGCGGATAACAATTTCACACAGGA pada 250 nM dan 50 mM Na⁺ menghasilkan 56,7 °C. Aturan Wallace, yaitu 2 °C per A atau T dan 4 °C per G atau C, menghasilkan 68 °C untuk primer tersebut dan hanya cocok untuk oligo pendek. Berjalan 100% lokal di browser Anda tanpa upload file ke server.
- Kategori
- Tool sekolah & belajar
- Dijalankan
- Di browser Anda
- Biaya
- Gratis · tanpa daftar
- Ketersediaan
- Siap digunakan
Berjalan sepenuhnya di browser Anda
Metode nearest-neighbour menjumlahkan stabilitas setiap pasangan basa yang saling tumpang tindih, menggunakan nilai terpadu SantaLucia 1998 dengan koreksi garamnya, dan menghasilkan suhu saat setengah primer terikat; dengan C/4 untuk konsentrasi untai, seperti yang digunakan Primer3, hasilnya sesuai dengan Tm_NN Biopython hingga 0.01 °C. Aturan Wallace dan formula GC adalah pendekatan yang lebih cepat. Primer PCR yang baik biasanya terdiri dari 18–25 basa dengan 40–60% GC, dan selisih antara sepasang primer sebaiknya sekitar 5 °C atau kurang; suhu annealing umumnya 3–5 °C di bawah Tm yang lebih rendah. Mg²⁺ dan dNTP, yang tidak dimodelkan di sini, juga meningkatkan Tm.
Panduan desain primer
Targetkan 18–25 basa, 40–60% GC, basa G atau C pada ujung 3′, tanpa rangkaian empat basa atau lebih yang sama, serta nilai Tm yang selisihnya tidak lebih dari 5 °C untuk kedua primer.
Untuk memeriksa sekuens template dan primer reverse, gunakan alat sekuens DNA.
Konsentrasi
Meningkatkan konsentrasi primer atau garam akan meningkatkan Tm: primer yang sama mengalami kenaikan sekitar 1–2 °C dari 50 hingga 100 mM Na⁺. Mg²⁺, yang terdapat dalam buffer PCR pada kadar 1,5–2,5 mM, semakin menstabilkan duplex, tetapi tidak dimodelkan di sini.
Untuk menyiapkan stok primer dan pengenceran kerja, gunakan kalkulator pengenceran.
Cara menggunakannya
- Tempelkan primer yang ditulis dari 5′ ke 3′.
- Sesuaikan konsentrasi primer dan natrium jika buffer Anda berbeda.
- Lihat Tm untuk setiap metode, kandungan GC, dan rangkaian komplementer diri jika ada.
Privasi & batasan
Semua perhitungan dilakukan di browser Anda.
Alat terkait
Pertanyaan umum
Tm yang mana yang harus saya gunakan?
Gunakan nilai tetangga terdekat: metode ini memperhitungkan urutan basa dan buffer. Banyak kalkulator milik pemasok polimerase menambahkan koreksi buffer mereka sendiri, jadi perbedaan beberapa derajat adalah hal yang wajar.
Berapa suhu annealing yang harus saya tetapkan?
Biasanya 3–5 °C di bawah Tm yang lebih rendah dari pasangan primer, lalu optimalkan dengan PCR gradien.
Mengapa peringatan komplementer diri penting?
Primer yang berpasangan dengan dirinya sendiri atau pasangannya dapat membentuk dimer atau jepit rambut yang bersaing dengan target dan menghasilkan pita tambahan.
Alat gratis · berjalan di browser anda · tanpa perlu akun