생물학 / PCR
프라이머 Tm 계산기 (융해 온도)
염 농도를 보정한 최근접 이웃법, Wallace 규칙, GC 공식으로 PCR 프라이머의 융해 온도를 계산하고, GC 함량과 헤어핀 또는 이량체를 형성할 수 있는 자기 상보성 구간을 확인합니다.
프라이머 Tm 계산기 (융해 온도): 최근접 이웃법 Tm은 SantaLucia의 1998년 통합 표를 사용해 겹치는 각 염기쌍의 엔탈피와 엔트로피를 더하고, 말단 및 염 보정을 적용한 뒤 Tm = ΔH ÷ (ΔS + R ln(C/4)) − 273.15를 계산합니다. Primer3에서 사용하는 가닥 농도 C/4를 적용하면 Biopython의 Tm_NN과 0.01 °C 이내로 일치합니다. 250 nM 및 50 mM Na⁺ 조건의 M13 역방향 프라이머 AGCGGATAACAATTTCACACAGGA는 56.7 °C입니다. A 또는 T마다 2 °C, G 또는 C마다 4 °C를 적용하는 Wallace 규칙으로는 68 °C가 산출되며, 짧은 올리고에만 적합합니다. 서버에 파일을 전혀 업로드하지 않고 브라우저에서 100% 로컬로 실행됩니다.
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- 학교 및 학습 도구
- 실행 횟수
- 브라우저에서
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- 무료 · 가입 불필요
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브라우저에서 전부 실행됩니다
최근접 이웃 방법은 SantaLucia의 1998년 통합값과 염 보정을 사용하여 서로 겹치는 각 염기쌍의 안정성을 합산하고, 프라이머의 절반이 결합하는 온도를 계산합니다. Primer3에서 사용하는 것처럼 가닥 농도에 C/4를 적용하면 Biopython의 Tm_NN과 0.01 °C까지 일치합니다. Wallace 규칙과 GC 공식은 더 빠른 근사 방법입니다. 좋은 PCR 프라이머는 일반적으로 18–25개의 염기와 40–60% GC로 구성되며, 한 쌍의 프라이머 간 Tm 차이는 약 5 °C 이내여야 합니다. 일반적인 어닐링 온도는 더 낮은 Tm보다 3–5 °C 낮습니다. 이 계산에서 모델링하지 않는 Mg²⁺와 dNTP도 Tm을 높입니다.
프라이머 설계 지침
염기 수는 18–25개, GC 함량은 40–60%, 3′ 말단은 G 또는 C를 목표로 하십시오. 같은 염기가 4개 이상 연속되지 않게 하고, 한 쌍의 Tm 값 차이는 5 °C 이내로 맞추십시오.
주형과 역방향 프라이머의 서열을 확인하려면 DNA 서열 도구를 사용하십시오.
농도
프라이머 농도나 염 농도를 높이면 Tm이 올라갑니다. 동일한 프라이머는 Na⁺ 농도가 50에서 100 mM로 높아질 때 약 1–2 °C 상승합니다. PCR 버퍼에 1.5–2.5 mM 포함되는 Mg²⁺는 이중 가닥을 더 안정화하지만 여기서는 모델에 반영하지 않습니다.
프라이머 저장액과 작업용 희석액을 만들려면 희석 계산기를 사용하십시오.
사용 방법
- 프라이머를 5′에서 3′ 방향으로 붙여 넣습니다.
- 버퍼의 농도가 다르면 프라이머 농도와 나트륨 농도를 조정합니다.
- 각 방법의 Tm, GC 함량, 자기 상보성 구간을 확인합니다.
개인정보 보호 및 제한사항
모든 계산은 브라우저에서 실행됩니다.
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자주 묻는 질문
어떤 Tm을 사용해야 합니까?
최근접 이웃법 값을 사용하십시오. 이 값은 서열 순서와 버퍼를 반영합니다. 많은 중합효소 공급업체의 계산기는 자체 버퍼 보정을 적용하므로 몇 도 정도 차이가 날 수 있습니다.
어떤 어닐링 온도로 설정해야 합니까?
일반적으로 두 프라이머 중 낮은 Tm보다 3–5 °C 낮게 설정한 다음, gradient PCR로 최적화합니다.
자기 상보성 경고가 중요한 이유는 무엇입니까?
프라이머가 자기 자신 또는 상대 프라이머와 결합하면 이량체나 헤어핀을 형성할 수 있습니다. 이는 표적과 경쟁하여 추가 밴드를 생성할 수 있습니다.
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